在滅菌程序驗證中，盡管可通過滅菌過程某些參數的監控來評估滅菌效果，但過氧化氫生物指示劑的被滅殺程度，則是評價一個滅菌程序有效性直觀的的指標。可使用市售的標準生物指示劑，也可使用有日常生產污染菌監控中分離的耐受性較強的微生物制備的孢子。設計滅菌程序時，根據經驗預計在該生產工藝中產品微生物污染的水平，選擇生物指示劑的菌種和孢子數量。這類產品的無菌保證應通過監控每批滅菌前的微生物污染的數量、耐受性和滅菌程序驗證所獲得的數據進行評估。